Statistische software

Auteur	dr. ir. N van Geloven
Co-Auteur
auteurschap op deze site

Algemene statistische pakketten

SPSS

SPSS (voluit: Statistical Package for the Social Sciences) is verreweg het meest gebruikte pakket in het medisch onderzoek vanwege de gebruiksvriendelijkheid (bijna alle analyses zijn via menu's te starten).

• SPSS handleiding - hoe om te gaan met SPSS In deze handleiding van de hogeschool van Gent vind je alle basics van hoe het programma SPSS werkt. Bijvoorbeeld hoe je een net databestand opbouwt in SPSS.
• Handleiding basisanalyses in SPSS geschreven door Saskia le Cessie (LUMC) - Deze handleiding beperkt zich tot de binnen het medisch onderzoek meest gebruikte statistische methoden zoals beschrijvende statistiek, het maken van grafieken, de statistische methoden voor het vergelijken van twee of meer groepen waarnemingen, het berekenen van correlaties en het uitvoeren van lineaire, logistische en Cox proportional hazard regressie.

R

R is een vrij verkrijgbaar statistisch pakket te downloaden op http://www.r-project.org. Ga naar Download -> CRAN, selecteer een 'mirror' en installeer het pakket. Omdat R een zogeheten open source structuur kent, zijn nieuwe statistische ontwikkeling direct beschikbaar via nieuwe downloadbare packages. Het is een zeer krachtig en flexibel pakket.

• Cursusmateriaal van het AMC Bioinformatics Laboratory.
• Gratis cursus 'Computing for Data Analysis' in R van de Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health.
• Introductiemanual : Simple statistical analyses in R.pdf. Als je de eerste paar pagina's van deze manual doorloopt, weet je de basics van het pakket.
• Short-refcard Handige spiekkaart met veelgebruikte functies in R.
• Handig Youtube instructiefilmpjes over het importeren data uit SPSS in R: filmpje1, filmpje2, filmpje3.
• Youtube kanaal 'Intro to R'.

Randomisatie software

Het heeft de voorkeur om de randomisatie van een RCT door een onafhankelijk persoon te laten gebeuren. Binnen het AMC ondersteunt de Clinical Research Unit randomisaties. Hiervoor wordt het programma ALEA gebruikt. ALEA is een door het Nederlands Kanker Instituut ontworpen applicatie. Dit systeem wordt momenteel door een consortium van 10 Europese universitair medische centra gebruikt. ALEA is gevalideerd voor toepassing in GCP trials. Met ALEA kun je de randomisatie procedure online uitvoeren. Bij inclusie van een nieuwe patient kan via het web opgevraagd worden naar welke studiearm deze patient gerandomiseerd is. Patiënten worden via de ALEA website gerandomiseerd in een eigen afgeschermde studie implementatie. Met ALEA kunnen alle typen gerandomiseerde studies ondersteund worden. De implementatie van de randomisatie van een RCT in ALEA gaat via de afdeling datamanagement van de CRU (AMC intranet).

Steekproefgrootte berekeningen en power analyses

nQuery Advisor

Voor het berekenen van sample sizes is binnen het AMC het programma nQuery Advisor beschikbaar. nQuery is een gevalideerd en gebruikersvriendelijk programma dat de mogelijkheid biedt om voor diverse onderzoeksdesigns en type data de gewenste groepsgrootte en statistische power te berekenen. nQuery, inclusief instructies voor het downloaden, vind je op de CRU-website onder de link Tools (AMC intranet). Je kunt nQuery ook direct installeren vanuit je AMC computer (via Start -> Alle Programma's -> Extra Software installeren).

Op de website van nQuery vind je een introductie filmpje om het programma te leren kennen.

PASS

PASS is een alternatief programma voor het berekenen van sample sizes. Het ondersteunt meer verschillende designs dan nQuery. Een gratis trialversie van het programma is te downloaden via de website van PASS.

Meta-analyses

De algemene pakketten om statistische analyses uit te voeren bieden in het algemeen geen voorgeprogrammeerde routines om meta-analyses uit te voeren.

• SPSS heeft geen voorgeprogrammeerde routines om meta-analyses uit te voeren. Op internet kom je verschillende syntax bestanden en macro's voor SPSS en Excel tegen. Als je hiervoor kiest, wees bewust dat deze de benodigde parameters vaak niet op de juiste manier berekenen.
• STATA heeft geen meta-analyse command, maar gebruikers van dit pakket hebben diverse packages hiervoor geschreven. Je kunt op de STATA website meer hierover lezen.
• Er zijn diverse packages voor R om meta-analyses uit te voeren. Een goede beginpunt is de CRAN task view meta-analysis.

Er zijn ook diverse programma's die gericht zijn op het uitvoeren van een meta-analyse.

• Review Manager (RevMan) is een programma ontworpen om een Cochrane Review te schrijven en onthouden. Hiermee kan je verschillende typen meta-analyses uitvoeren. RevMan is in het AMC via de Centraal Digitale Werkplek zonder extra kosten beschikbaar.
• OpenMeta is een open source programma om meta-analyses uit te voeren.
• Let op! Deze programma lijkt niet meer beschikbaar te zijn (december 2015). MetaAnalyst is een Windows-gebaseerd programma voor het uitvoeren van meta-analyses. Zeer gebruiksvriendelijke interface. Let wel: enkele methodes zijn nog in testfase (zie tab 'features' op de MataAnalyst-website). Gratis te downloaden vanaf de site. Let wel: voor succesvolle installatie is 1 extra stap nodig: "The operating system, being European, wants to use commas instead of decimals. It will have trouble parsing the conf file. Please go to the MetaAnalyst directory (e.g., C:\Program Files\MetaAnalyst) and open the file "ma.conf" in any text editor (e.g., notepad). Where it now reads: "ci = .95" change it to: "ci = ,95". Save the file as ma.conf and it will work."

Overige software en links

Confidence Interval Analysis

Het programma Confidence Interval Analysis (CIA), behorend bij het boek "Statistics with confidence" is helemaal gewijd aan het berekenen van betrouwbaarheidsintervallen. Er is een simpele versie van CIA te downloaden vanaf de CRU website onder Tools (AMC intranet).

Statpages

http://statpages.org Een overzichtsite met links naar honderden pagina's met gratis statistische software op het internet.

Klaar met lezen? Je kunt naar het OVERZICHT van alle statistische onderwerpen op deze wiki gaan of naar de pagina KEUZE TOETS voor hulp bij het uitzoeken van een geschikte toets of analyse. Wil je meer leren over biostatistiek? Volg dan de AMC e-learning Practical Biostatistics. Vind je op deze pagina's iets dat niet klopt? Werkt een link niet? Of wil je bijdragen aan de wiki? Neem dan contact met ons op.

De wiki biostatistiek is een initiatief van de voormalige helpdesk statistiek van Amsterdam UMC, locatie AMC. Medewerkers van Amsterdam UMC kunnen via intranet ondersteuning aanvragen.