Fisher's exact toets
Fisher's exact test het verschil tussen twee proporties.
Wanneer gebruik ik Fisher's exact test?
Fisher's exact test kan gebruikt worden om te toetsen of the verschil tussen twee proporties in een klassieke 2-bij-2 tabel significant van elkaar verschillen. Dergelijke tabellen worden meestal geanalyseerd met een Chi-kwadraat test. Tradioneel wordt er voor de Fisher's exact test gekozen ipv een Chi-kwadraat wanneer er lage aantallen (~<10) in de 2-bij-2 tabel voorkomen. De Chi-kwadraat test is dan niet meer adequaat. Daar Fisher's Exact test in de huidige statistische pakketten even snel uitgerekend kan worden als een chi-kwadraat test is er geen bezwaar meer om deze exacte test (chi-kwadraat gebruikt een benadering) altijd te gebruiken bij het analyseren van een 2-bij-2 tabel.
Voorbeeld van een klassieke 2-bij-2 tabel:
| cases | controls | total | |
| men | 0 | 10 | 10 |
| woman | 12 | 2 | 14 |
| totals | 12 | 12 | 24 |
Ik heb in mijn controlearm 0 events, kan ik het verschil tussen beide armen nog wel toetsen?
Ik het voorkomen van hyperthyreoidie bij patienten met veneuze trombose vs controles bekeken. Van de 173 cases hadden 3 patienten een hyperthyreoidie vs 0 van de 344 controles. Statische analyse met behulp van de Fisher's exact test (via Crosstabs) toont dat hyperthyreoidie en veneuze trombose vaker samen voorkomen dan op basis van toeval verwacht kan worden (p=0.037). Volgens een van mijn professoren kunnen bovenstaande getallen echter geen significant verschil opleveren. Kan ik Fisher's exact test wel gebruiken in dit geval?
Jouw berekeningen kloppen: 3 uit 173 (1.7%) is significant verschillend van 0 uit 344 (0%) en de p-waarde is inderdaad 0.037. Ik kan me de scepsis van jouw prof wel voorstellen want 3 events is natuurlijk niet heel veel, maar misschien helpt het als je benadrukt dat 0 events uit 344 observaties al behoorlijk veel evidence geeft dat de event-rate in de controls heel erg laag is; feitelijk loopt het 95% betrouwbaarheidsinterval nul tot 1.07%, dus de kans dat het in de buurt van de 1.7% ligt is heel erg gering. Je zult wellicht dezelfde scepsis ontmoeten als je dit resultaat wilt publiceren, dus misschien moet je nog wat meer evidence verzamelen.
In heb in mijn controlearm 0 events, hoe reken ik nu de odds ratio uit?
Ik heb een 0 in een aantal 2x2 tabellen waardoor ik geen OR kan berekenen. Wat is de gebruikelijke oplossing hiervoor?
De meest gebruikte methode om toch een OR te kunnen uitrekenen, waneer een van de cellen nul is, is bij ALLE cellen 0.5 op te tellen. Dit resulteert waarschijnlijk wel in een groter betrouwbaarheidsinterval. Een referentie voor deze correctie en de SE is: Agresti A (1990) Categorical Data Analysis. John Wiley & sons, New York. p. 54.
Terug naar pagina OVERZICHT voor een overzicht van alle statistische onderwerpen op deze wiki.
Terug naar KEUZE TOETS voor hulp bij het uitzoeken van een geschikte toets of analyse.